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微生物多样性测序与分析服务

微生物多样性测序与分析服务

提供微生物多样性研究测序和生信分析服务
品牌: 纳全生物
型号: 二代测序/三代测序
产地: 国产
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微生物多样性测序与分析服务


微生物多样性测序(又称扩增子测序)是指通过研究16s rRNA/18s rRNA/ITS(Internal Transcribed Spacer)等特定功能基因的某一或某几个区,通过illumina测序将目的区域正反向读通,检测目的区域的序列变异和丰度,进而分析特定环境中微生物群的构成情况或基因的组成以及功能。


细菌微生物多样性研究,常用16s rRNA扩增测序。16s rRNA基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因,长度约为1542bp,其分子大小适中,突变率小,具有高度度保守型和变异性,保守型反映物种间的亲缘关系,变异性反映物种间的差异;通过检测16s rDNA的序列变异和丰度,可以了解环境样本中细菌群多样性信息。


18s rDNA/ITS扩增测序被广泛应用在真菌分类鉴定中。18s rDNA在系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类;ITS属于中度保守区域,利用它可研究种及种以下的分类阶元。


微生物多样性测序分析服务提供样本提取、文库构建与上机测序和生信分析三大内容。


测序分析工作流程如下:

1、样本DNA提取: 接收到用户样本后,提取样本完整基因组DNA,并检测提取的基因组DNA质量,保证后续实验DNA达到实验要求;用户也可自行提取符合要求的DNA样本。

2、PCR扩增:按目的测序区域,合成带有 barcode 的特异引物,使用尽可能低的循环数扩增。

3、荧光定量:参照电泳初步定量结果,将PCR产物用进行检测定量,之后按照每个样本的测序量要求,进行相应比例的混合。

4、文库构建:通过PCR将 illumina官方接头序列添加至目标区域末端,构建基因组测序文库。

5、上机测序:按照实验要求,构建好且质量达标的文库,将被安排送入基因测序仪进行测序,读取DNA中的碱基序列。

6、生信分析:将测序得到的PE reads首先根据overlap关系进行拼接,同时对序列质量进行质控和过滤,区分样本后进行OTU聚类分析和物种分类学分析,在此基础上,可进一步生信分析微生物群结构和系统发育等内容。

7、形成项目报告:根据生信分析结果,形成项目完整的结题报告,报告内容覆盖完整的分析流程。



——微生物多样性测序分析基本流程图——


微生物多样性测序在种属水平上提供了深入了解微生物多样性、种类组成的机会,常用于土壤、水体、肠道、皮肤等各种环境中的微

生物群研究。


应用领域

1、医学领域:疾病与人体微生物间关系,如代谢类疾病、消化类疾病、自身免疫性疾病、肿瘤癌症、神经类疾病及其他疾病等。

2、畜牧领域:肠道、瘤胃等微生物群落与动物繁殖、生长发育、营养健康、免疫和疾病治疗等的互作关系。

3、环境领域:某一特定环境(雾霾、沙尘等污染环境,住宅、商场等生活环境)的微生物群落组成,有机肥发酵处理、污水治理、石油降解、水体及海洋环境等微生物群落分布和组成等。



微生物多样性测序为在多个领域都有广泛的应用,探讨微生物多样性对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用有着重要的理论和现实意义。纳全生物微生物多样性测序分析服务,为您提供高质量的测序数据和详尽的生信分析报告。


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