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16s RNA测序与生信分析服务

16s RNA测序与生信分析服务

16s RNA扩增子测序和生信分析服务
品牌: 纳全生物
型号: /
产地: 国产
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16s RNA测序与生信分析




16S rRNA是细菌分类学研究中常用的“分子钟”,其序列包含9个可变区(Variable region)和10个保守区(constant region),可变区反映物种间的差异,保守区反映生物物种间的亲缘关系,通过检测16S rRNA的序列变异和丰度,可以了解环境样品中群落多样性信息、在微生物分类鉴定、微生态研究等方面起到重要作用。


16S rRNA基因测序常见名词解释:

1、OTU分析:(operational taxonomic unit),是在系统发生学或群体遗传学研究中,为了便于进行分析,人为给某一个分类单元(品系,属,种、分组等)设置的统一标志,要了解一个样本测序结果中的微生物多样性和丰度, 就需要对序列进行聚类(cluster)。通过聚类操作,将序列按照彼此的相似性分归为许多小组,一个小组就是一 个OTU,每个OTU一代表一种16S rRNA,一个OTU对应于一个物种。


2、Alpha多样性:反映微生物群落的丰富度和多样性,包括一系列统计学分析指数估计环境群落的物种丰度和多样性,常见的度量指标有sobs、Cha o 、Simpson、shannon等。


3、Beta多样性:即不同样品间的微生物多样性,衡量不同样品之间的差别。


4、稀释曲线:主要利用各样本在不同测序深度时的微生物 Alpha 多样性指数构建曲线,以此反映各样本在不同测序数量时的微生物多样性。










16s rRNA测序的优点

1、测序成本相对较低。

2、16s rRNA基因分布广泛,且序列丰度超过其他基因。

3、可用于测定不同类群之间的系统发育关系。






结果展示:

Rank-Abundance 曲线:可用来解释多样性的两个方面,即物种丰度和物种均匀度。在水平方向,物种的丰度由曲线的宽度来反映,物种的丰越高,曲线在横轴上的范围越大;曲线的形状(平滑程度)反映了样本中物种的均度,曲线越平缓,物种分布越均匀。









稀释曲线:采用对序列进行随机抽样的方法,以抽到的序列数与它们对应的物种(如OTU)数目或多样指数,构建 Rarefaction curve。若多样性指数为sobs(表征实际观测到的物种数目),当曲线趋向平时,说明测序数据量合理,更多的数据量只会产生少量新的物种(如OTU),反之则表明继续测序还可能产生(较多新的物种)。





16s RNA测序分析可帮助科研人员很好地了解环境样品中群落多样性信息,研究微生物生态。纳全16s RNA测序分析服务,将通过便捷的服务流程、高质量的测序数据、详尽的生信分析报告,更好的服务科研人员研究病原微生物。


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