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Bin宏基因组测序与分析服务

Bin宏基因组测序与分析服务

研究微生物群的基因组组成和功能
品牌: 纳全生物
型号: 二代测序/三代测序
产地: 国产
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Bin宏基因组测序与分析服务


宏基因组 ( Metagenome)是由 Handelsman 等在1998年提出的概念,是环境中所有微生物基因组的总和,常用于研究微生物群的基因组,研究其组成和功能;既适用于环境样品,又可用于肠道微生物、土壤微生物和水体微生物的研究,在肠道菌群方面基本能实现97%以上的菌都能鉴定到种,90%以上到菌株层面。




基于Binning下的宏基因组测序分析,是将序列拼接得到的Contigs进行binning组装,并通过质量评估和筛选,获得高质量的bins。得到的bins,是很多不能在实验室里培养的细菌、古菌或病毒的基因组草图,选择感兴趣的高质量bin进行单菌的基因组组装,并可以在菌株水平上进行基因和功能注释、比较基因组分析、进化分析等,使我们得以洞察这些无法在实验室培养获得的菌株、感染学疾病微生物的生态适应机制,营养互作机制和新陈代谢功能等。




宏基因组测序为感染性疾病诊断带来新的补充和支持,宏基因组测序检测能覆盖较大范围的病原体,病毒、细菌、真菌、寄生虫都能被同时检测,不论临床样本培养成功与否,只要含有可检测到的DNA或RNA即可,因此它能检测到其他传统手段无法检测到的病原体,同时还可用于排除检测。宏基因组测序在疾病微生物中的应用还包括病原体的耐药基因检测、医院感染控制的监测,以及社区传染性疾病暴发的监测。如果您正在寻找高质量的宏基因组测序分析服务,纳全生物将竭诚为您提供支持。


-宏基因组测序分析基本流程图-




结果展示:

耐药基因预测:使用Diamond软件,把预测得到的编码基因的氨基酸序列与 CARD 数据库进行比对,获得每个基因组中包含的耐药基因的信息。比对结果可展示每一个在CARD数据库中注释到的基因对应的位置,ARO编号以及ARO分类描述等,通过ARO分类描述可了解每个基因与抗生素抗性相关的具体功能。






基因组共线性分析:一般而言,进化距离越远的物种之间基因共线性越差,因此两个物种之间

的共线性程度可以作为衡量它们之间进化距离的标尺。同时,我们还可以通过共线性分析来获

得物种间基因组在进化过程中所发生结构变异的情况。利用Sebelia进行共线性分析,再通过

Circos软件绘制共线性圈图。


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