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Denovo细菌基因组测序与分析服务(扫描图/完成图)

Denovo细菌基因组测序与分析服务(扫描图/完成图)

细菌基因组测序和生信分析服务
品牌: 纳全生物
型号: 二代测序/三代测序
产地: 国产
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Denovo细菌基因组测序与分析服务(扫描图/完成图)


细菌基因组denovo测序,即从头测序,指在不依赖任何参考序列的情况下对细菌基因组进行测序并利用生物信息学手段从头组装得到基因组序列,用于研究细菌的遗传物质的结构和功能。细菌基因组,根据序列组装完整程度的不同,可分为扫描图(也称为草图)和完成图(0gap);扫描图一般是测通细菌全基因组后的数据,完成图保证获得基因组及所含质粒的完整基因组。细菌基因组测序分析服务,主要提供样本提取、文库构建与上机测序和生信分析三大内容。


细菌基因组测序分析的主要工作流程:

1、样本DNA提取: 接收到用户样本后,提取细菌的基因组DNA,纯化并质检DNA的浓度,保证后续实验DNA质量足够高(无降解,OD260/280=1.8-2.0,总量不少于15μg);用户也可自行提取符合要求的DNA样本。

2、文库构建:基因组DNA片段化,构建基因组测序文库。

3、上机测序: 按照实验要求,构建好且质量达标的文库,送入基因测序仪进行测序,读取DNA中的碱基序列。

4、生信分析:数据下机后,通过一系列的生物信息学分析操作,获知模板DNA片段的序列,并进行结构基因组学分析、基因预测与功能注释、代谢系统分析、致病系统分析等生息分析。

5、形成项目报告:根据生信分析结果,形成覆盖完整的分析流程上的结题报告。

——整体生信分析流程图——

送样要求:

  • 扫描图   菌体:称重≥0.1g(0.1 mL高度)2~3个份

            DNA:>2 ng/ul总量>0.15 g,DNA片段>10 kb

  • 完成图   菌体:称重1.5~2g(1 mL高度)2~3份

            DNA:>20ng/l总量>3 4gDNA片段>20 kb


注:细菌基因组测序扫描图和细菌基因组测序完成图测序方式不同,完成图采用 Pacbio+PE(~400)测序方式,扫描采用 Illumina Hiseq 测序平台。

项目

扫描图(二代测序)

完成图(二代+三代测序)

测序原理

illumina

illumina + PacBio SequelⅡe

illumina + Nanopore

质粒基因

基因组类型

长重复序列

准确性低

准确性高

组装结构

scaffold水平

完整基因组

应用领域

细菌分型

全面的致病系统研究

新物种鉴定

精细地代谢系统研究

耐药基因筛选

更系统地比较基因组分析

环境适应性基因筛选

基因水平转移研究


-细菌基因组扫描图与完成图对比表-


细菌基因组分析相比传统方法具有多项优势

1.高分辨率: 通过测序,可以获得高分辨率的细菌基因组信息,揭示微观水平的遗传变异。

2.快速性: 相对于传统培养方法,细菌基因组分析可以更快速地确定细菌的特性,从而更快地做出决策。

3.全局性: 它提供了对细菌全基因组的多方面的了解,包括非编码区域、调控元件和代谢途径等。

4.个性化医疗: 在医疗应用中,细菌基因组分析可以为个体化治疗提供基础,确保选择合适的抗生素或治疗方案。


细菌基因组测序分析服务,为用户提供便捷的测序方案,提供专业的生信分析解读,如果您测序生信分析需求,纳全生物将竭诚为您提供支持。






-二代测序原理图(引用自 http://tucf-genomics.tufts.edu)-



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